Około 2500 lat temu na obszarze Beskidu Niskiego nastąpiło zwilgotnienie klimatu. Na skutek tej zmiany miejsce świerków porastających do tej pory obszar Beskidu Niskiego zaczęły zajmować buki i jodły. Zmiany antropogeniczne (spowodowane przez działalność człowieka) sięgają na tych obszarach XIII wieku. Z początku lasy były jedynie karczowane pod uprawę jednak w XIX i XX wieku lasy były wykorzystywane również do celów przemysłowych. W okresie II-giej Wojny Światowej Beskid Niski był terenem prawie bezleśnym. Wielkie zmiany zaczęły zachodzić po roku 1947, czyli po ostatecznym wysiedleniu Łemków - obszar zaczął na powrót dziczeć, w wiele miejsc wrócił las, pojawiły się nowe gatunki roślin i zwierząt.

Na omawianym obszarze dominują lasy regla dolnego (40% buk, 26% jodła, 19% sosna, 4% świerk). Wysoki udział jodły jest spowodowany niewielką ilością świerka, który między dolinami Osławy i Wisłoki tworzy szeroką dysjunkcję. Powyżej 400 m n.p.m. występuje buczyna karpacka (buk, jodła). Na Cergowej, Piotrusiu oraz Ostrej występuje jaworzyna karpacka (jawor, buk). Jodły występują w miejscach wilgotnych, u podnóży gór lub na łagodnych wzniesieniach (np. pod Kamarką). Sosna nie występuje tu naturalnie - jej monokultury zostały wysadzone przez leśników (np. podnóża Cergowej). Na tarasach zalewowych występują łęgi górskie (olchy, topole, wierzby, wiązy) - pieknym przykładem jest tu dolina Jasiołki w okolicach Daliowej. Grądy (graby, dęby) występują w niższych częściach stoków Piotrusia i Ostrej.

Warto zauważyć, że obszar ten jest granicą między Karpatami Zachodnimi a Wschodnimi. Powoduje to nakładanie się na tym terenie występowania roślin charakterystycznych dla obu tych obszarów. Występują tu zatem gatunki charakterystyczne dla Karpat Wschodnich, takie jak np. kostrzew górski, jak również gatunki charakterystyczne dla Karpat Zachodnich, takie jak np. wilczomlecza słodkiego. Atrakcyjność regionu zwiększa fakt sporego obniżenia grzbietu karpat. Sprzyja to pojawianiu się gatunków ciepłolubnych z południa, takich jak np. kłokoczka południowa. Cały obszar Beskidu Niskiego objęty jest Obszarem Chronionego Krajobrazu Beskidu Niskiego.

Parki i rezerwaty chroniące przyrodę na tym obszarze to:

• Jaśliski Park Krajobrazowy
• Magurski Park Narodowy

Chronione drzewa

Cis pospolity - występuje jako krzew lub niewielki drzewo (osiąga wysokość 10 metrów). Rośnie powoli i może żyć nawet 2000 lat. W Beskidzie Niskim występuje jako poszycie w lesie jodłowo-bukowym. Drewno z cisu nie gnije, jest elastyczne oraz trwałe. Wyrabiano z niego łuki oraz kusze, jak również meble gdańskie i kolbuszowskie. Cis był także towarem handlowym z Anglią i Holandią. Ponieważ drewno cisa jest bardzo wysokiej jakości, a drzewo to rośnie bardzo wolno, już Władysław Jagiełło był zmuszony wydawać dekrety mające na celu ochronę cisa.

Rezerwaty chroniące cisa:

• "Cisy w Nowej Wsi" - Rezerwat utworzony w 1957 roku o powierzchni 2,18 hektara. Zawiera 45 cisów o wysokości dochodzącej do 10 metrów. Jest utworzony na terenie prywatnego lasu.
• "Cisy w Jesionce" - Powierzchnia tego nie istniejącego już rezerwatu wynosiła 63,5 hektara. W 1963 roku został wchłonięty przez "Rezerwat Tysiąclecia".
• "Rezerwat tysiąclecia" - Zajmuje północne zbocza Cergowej. Chroni m.in. 100 okazów cisa.
• "Wadernik" - Rezerwat utworzony w 1989 roku. Jego powierzchnia to 10,78 hektara. Zawiera 180 cisów. Mieści się powyżej wsi Ropianka, na tzw. Burej Horze.
• "Igiełki" - Został utworzony także w 1989 roku. Zajmuje powierzchnię 27,88 hektara. Zawiera 250 cisów o wysokości do 6 metrów. Jest położony na północ od Mszany.

Modrzew polski - osiąga wysokość do 40 metrów. Żyje około 500 lat. Jako jedyne drzewo iglaste zrzuca igły na zimę. Jego drewno jest twarde, odporne na wilgoć oraz nie paczy się. Budowano z niego kościoły wiejskie oraz dworki szlacheckie. Występuje w dużych ilościach w Beskidzie Niskim, gdyż go nasadzono - naturalnie tutaj nie występował.

Rezerwaty chroniące modrzew:

• "Modrzyna" - Rezerwat utworzony w 1953 roku. Zajmuje powierzchnię 17,87 hektara. Zawiera około 550 dwustuletnich modrzewi.